Martedì 23 Aprile, a partire dalle 9:00, si terrà il 2° Workshop su Supercalcolo, organizzato dal Dipartimento di Scienze Statistiche dell'Università di Roma - La Sapienza.
L’evento, cui sarà possibile partecipare in presenza o da remoto, avrà come scopo quello di illustrare le potenzialità e le opportunità offerte dall’uso di strumenti di supercalcolo in ambito scientifico. Prevederà inoltre la presenza di sessioni tecniche durante le quali si procederà alla risoluzione, mediante l’uso di TeraStat 2, il supercalcolatore del Dipartimento di Scienze Statistiche appartenente alla Infrastruttura di Ricerca di Ateneo, di brevi casi di studio in un ampio spettro di domini di ricerca. I materiali utilizzati per le presentazioni saranno resi preventivamente disponibili ai partecipanti, dando così la possibilità di replicare in prima persona gli esperimenti presentati.
Per ulteriori informazioni:
https://www.dss.uniroma1.it/WSSC24
Per registrarsi:
https://cutt.ly/WSSC24REG
Modalità di partecipazione
I lavori si terranno nell’aula 1.01 - Edificio D della sede in Viale Regina Elena (RM112-E01P01L005). In alternativa, sarà possibile assistere collegandosi da remoto attraverso la piattaforma Zoom.
Per partecipare è necessario registrarsi, entro il 18 aprile, all’indirizzo https://cutt.ly/WSSC24REG. I partecipanti potranno richiedere, in fase di registrazione, l’attivazione di una utenza su TeraStat 2, senza alcun costo e con una dotazione iniziale di 100 giorni / core di calcolo.
Al termine della giornata, per chi ne farà richiesta, sarà rilasciato un attestato di partecipazione.
Programma degli interventi
Saluti Istituzionali (ore 9:00)
- Alberto Marchetti Spaccamela (Prorettore alle Tecnologie digitali, Presidente di InfoSapienza)
- Fabio Sciarrino (Prorettore alle Strategie competitive per la ricerca internazionale)
- Giovanna Jona Lasinio (Direttrice del Dipartimento di Scienze Statistiche)
Sessione Mattutina
09:20 Il progetto TeraStat 2 (Umberto Ferraro Petrillo, responsabile scientifico TeraStat 2)
09:40 Nozioni di base e prima connessione a TeraStat 2 (Antonio Mastrandrea, Emanuele Corti, Dipartimento di Scienze Statistiche)
10:20 Leveraging the multi-core capabilities of a super-computing cluster to train Machine Learning models in R (Pierfrancesco Alaimo Di Loro, LUMSA)
Strumenti utilizzati: R, tidyverse, xgboost, caret
11:00 Fast activity rhythms estimation of bears through Bayesian modeling in Stan (Aurora Donatelli, Dottorato in BIOLOGIA AMBIENTALE ED EVOLUZIONISTICA)
Strumenti utilizzati: R, stan
11:40 De novo diploid human genome assembly using TeraStat 2 (Emilia Volpe, Dottorato in GENETICA E BIOLOGIA MOLECOLARE)
Strumenti utilizzati: Conda, R, Snakemake, Python, Rukki, MBG, Graphaligner, Winnowmap, Bedtools, Samtools, BWA
12.20 Consistency of Maximum Likelihood Estimators via EM in relative survival cure models: A large-scale simulation study (Fabrizio Di Mari, Scuola di Dottorato in Scienze Statistiche)
Strumenti utilizzati: R, parallel
Sessione Pomeridiana
14:00 Leverage TeraStat2 to speed up MATLAB Algorithms and Applications (Alessio Conte, Mathworks)
Strumenti utilizzati: Matlab, Parallel Computing Toolbox
14:40 Containers: an ocean of softwares for NGS data analysis (and everything else) (Giacomo Chiappa, Dottorato in BIOLOGIA AMBIENTALE ED EVOLUZIONISTICA)
Strumenti utilizzati: Singularity, SeqKit, BLAST
15:20 Optimizing Computational Costs in Fluid Dynamics Simulator with Terastat: Scaling Techniques and Applications (Marta Galuppi, Dottorato in INFRASTRUTTURE E TRASPORTI)
Strumenti utilizzati: FDS
16:00 Study of the Protein Structural Dynamics in Solution (Alessandro Nicola Nardi, Giuseppe Chen, Dipartimento di Chimica)
Strumenti utilizzati: Gromacs
16:40 Benchmarking computational topology tools using interactive jobs (Riccardo Ceccaroni, Dottorato in Data Science)
Strumenti utilizzati: gcc, conda, wget, git, ripser
Evento organizzato con il supporto di:
- Dottorato in Biologia Ambientale ed Evoluzionistica
- Dottorato in Genetica e Biologia Molecolare
- Dottorato in Infrastrutture e Trasporti
- Dottorato in Ingegneria Informatica
- Dottorato Nazionale in Osservazione della Terra
- Dottorato di Ricerca in "Scuola di Scienze Statistiche"
- Scuola Superiore di Studi Avanzati Sapienza
TeraStat 2
TeraStat 2 (TS2) è il supercalcolatore general-purpose del Dipartimento di Scienze Statistiche per la risoluzione di modelli matematici e statistici su Big Data. Complessivamente il sistema dispone di 12 nodi di calcolo “fat” per un totale di 1.920 core. L'accesso a TS2 viene reso disponibile gratuitamente a tutto il personale di Sapienza che ne ha bisogno per lo sviluppo di progetti che richiedono l’uso di supercalcolo. Per un uso particolarmente intensivo delle risorse di calcolo, è prevista la sottoscrizione di una quota di valore non commerciale, che contribuirà alla copertura dei costi di manutenzione ed aggiornamento di TS2. Ulteriori informazioni su TeraStat 2 sono disponibili all’indirizzo: https://www.dss.uniroma1.it/it/HPCTerastat2