Software Disponibile

TeraStat2 (TS2) mette a disposizione un insieme di prodotti e librerie software di interesse generale.

Gli utenti che hanno bisogno di adoperare software e librerie non presenti inizialmente su TS2, possono installarli localmente alla loro utenza utilizzando lo spazio personale e gli strumenti di sviluppo messi a disposizione dallo staff.
Nel caso il software sia di interesse generale, l’utente che ne ha bisogno può chiedere allo staff che questi sia installato di sistema. Se lo staff accetta la richiesta, si provvederà all’installazione del software in questione programmandola nell’ambito delle attività periodiche di manutenzione ed aggiornamento dei software installati. In ogni caso, sarà unicamente possibile l’installazione di software coperto da licenza.

Il software attualmente installato è:

Software	Versione	Note
admixture	1.3.0
anaconda	2022.10	Oltre a caricare il modulo è necessario creare un environment locale all'utente conda create --name conda_env attivare l'environment activate conda_env eseguire eventuali istallazioni all'interno dell'environment conda install pandas -n conda_env
aocc	3.0.0	Compilatore rilasciato da AMD e ottimizzato per i suoi processori. Include il supporto per C, C++, Fortran. Assicurarsi di utilizzare i nodi con processori AMD.
aocl	3.0-6	librerie rilasciate da AMD per i suoi processori. Comprenono: amd-blis, amd-fftw, amd-libflame, amd-libm, amd-memcpy, amd-rng, amd-scalapack, amd-securerng, amd-sparse. Assicurarsi di utilizzare i nodi con processori AMD.
autodock	4.2.6
beagle	4.0.0
beast	1.10.4
boost	1.76.0
bowtie2	2.4.4
bwa	0.7.17
cmake	3.20.2
eigensoft	8.0.0
fastp	0.23.2
fastqc	0.11.9
gatk	4.2.6.1
gcc	10.2.0	include i compilatori C, C++, Ada, Fortran, Go , Objective-C, Objective-C++, D
gd	2.3.1
gdal	2.4.4 3.5.3
geos	3.11.0
gnuplot	5.4.1
gretl	2022c
gromacs	2021.3
gsl	2.7.1
ibis	1.20.9
iq-tree	2.2.0
JAGS	4.3.0
Java	8 11 16
Jellyfish	2.3.0
Julia	1.7.2
kmc	3.2.1
matlab	R2020a R2022a
maven	3.8.1	L’accesso ad internet per il download delle dipendenze è possibile solo dal nodo di login
MrBayes	3.2.7a
openblas	0.3.21
openmpi	4.1.0 4.1.1
orca	5.0.1
openssl	1.1.1
plink	1.90b
proj	9.1.0
python	3.9.2 3.10.8 3.11.0	E' possibile gestire dipendenze in python tramite pip e virtual environment
Quantum Espresso	6.8
R	4.0.5 4.2.0	E' possibile installare, dai nodi di login tramite una sessione interattiva di R, pacchetti di libreria purché non abbiano dipendenze esterne ad R non risolvibili con il sistema di moduli. In quest’ultimo caso, contattare lo staff.
samtools	1.9
sdsl	2.1.1
SQLite	3.39.4
SRA toolkit	3.0.1
trinity	2.12
vina	1.2.2

In ogni momento è possibile avere un report aggiornato del software installato, incluse eventuali librerie aggiuntive, eseguendo il comando

TS2> module avail

Il software presente in TS2 è gestito tramite un sistema di moduli d’ambiente: per poter usare un certo software occorrerà prima caricare il relativo modulo. Tale regola vale anche per i job che eseguono gli esperimenti per conto di un certo utente. Pertanto, tra le prime righe di descrizione del corrispondente script, dovranno presenti le istruzioni con la lista di moduli da caricare. Il comando per gestire i moduli è module. Di seguito si descrivono le operazioni riguardanti i moduli più spesso richieste .

Conoscere l’elenco dei moduli presenti

E’ possibile conoscere la lista dei moduli attualmente presenti su TS2 attraverso il seguente comando:

TS2> module avail

Come risultato, si otterrà a schermo una lista dei moduli presenti nel formato:

<nome_modulo>=<software>/<versione>

Esempio:

gcc/10.2.0

NB In <versione>, se si applica, è incluso anche l’ambiente di compilazione

Attivare/disattivare un modulo

E’ possibile attivare o disattivare un modulo nel proprio ambiente di lavoro attraverso le opzioni load ed rm del comando module, come di seguito descritto

TS2>module load <nome_modulo> TS2>module rm <nome_modulo>

Esempio:

TS2>module load gcc/10.2.0 TS2>module rm gcc/10.2.0 TS2>module load gcc

Come previsto dall’esempio soprastante, è possibile attivare un modulo indicando il solo nome del software o, nel caso più versioni siano presenti, la particolare versione che si vuole adoperare. Tuttavia, seppur non obbligatorio, si raccomanda sempre di indicare nei propri script anche la versione del software desiderata, per assicurarne il funzionamento in caso di installazione di nuove versioni.

Conoscere la lista dei moduli attivi

E’ possibile conoscere la lista dei moduli attivi attraverso l’opzione list del comando module, come di seguito descritto.

TS2> module list

I moduli possono avere dipendenze reciproche e, il comando module list, potrebbe quindi mostrare una serie di moduli che non si è caricato direttamente.

Approfondimento tecnico

Il sistema dei moduli è basato su script TCL. Questi sono collocati in specifici path recuperabili dal comando module avail ed utilizzabili come template per definirne di propri. Il sistema di moduli è infatti già configurato per utilizzare eventuali moduli definiti dall’utente e presenti nella directory modules nella propria home directory. Il comando module avail non mostrerà la directory dell’utente fino a che al suo interno non sia presente un modulo valido.